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代谢组学研究的十大误区误区八 [复制链接]

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代谢组学是对生物体某一特定组分所包含的所有代谢物进行定性及定量分析,并研究该代谢组在外界干预或疾病生理条件下动态变化规律的一门学科。代谢组学是一门交叉性极强的学科,我们经常讲,代谢组学是用物理学原理的设备,检测化学原理的化合物,然后通过计算统计学,分析生物学机理,最终阐述医学等各种现象,真的是相当的复杂。

亮哥从事代谢组学检测分析工作十几年,从不懂到懂一点,也是有非常漫长的过程。然而最近看一些文章,听一些报告,和客户朋友聊一些天,发现大家对代谢组学研究依然有很多误区。故而总结这十大误区供大家讨论及参考。

误区八:代谢组学物质鉴定数据库使用网上的公开库就可以了?

首先,我们来看一下目前常用的代谢组学(本文是特指非靶标代谢组学,包含脂质组学)公开数据库有哪些?

1)HumanMetabolomeDatabase(HMDB)

人类代谢组数据库HMDB是由加拿大代谢组学创新中心TheMetabolomicsInnovationCentre(TMIC)DavidSWishart组于年创立,是一个完全免费的公开电子数据库,至今已经是5.0版本了。虽然现在名称依然是人类代谢组数据库,但是其整合了早期的植物、动物等各种数据库,数据库包含个代谢物条目,包括水溶性和脂溶性代谢物。此外,有个蛋白质序列(酶和转运体)与这些代谢物条目相关。许多数据字段可超链接到其他数据库(KEGG、PubChem、MetaCyc、ChEBI、PDB、UniProt和GenBank)。另外四个数据库DrugBank、T3DB、SMPDB和FooDB也是HMDB数据库套件的一部分。DrugBank包含约种药物和种药物代谢的相关信息,T3DB包含约种常见毒素和环境污染物的信息,SMPDB包含约种人类代谢、药物和疾病通路以及约种其他生物体的通路图,而FooDB包含约种食品成分和食品添加剂的相关信息。

可以说该数据库是全球最完善的代谢组学数据库了,如果你做完代谢组学分析,拿到候选物质后一定要到这个数据库里好好查询一下这些物质的信息,包括谱图,判断一下靠不靠谱?有什么用途?

2)Metlin,MassBank,mzCloud,NIST

Metlin数据库由斯克利普斯研究所(ScrippsResearchInstitute)GarySiuzdak组于年创建,最初是一个用于描述已知代谢物的特征的数据库,此后扩展为识别已知和未知代谢物和其他化学实体的技术平台。谱图数据主要来自QTOF质谱检测平台,包括SCIEX、Agilent、Bruker、Waters等。根据

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